萃取是一种有用的分离技术，当溶液中存在极性相似但溶解度不同的化合物混合物时。通过将混合物引入不同的酸性和碱性条件，三步提取过程可以利用不同的溶解度。

需要将反应加热到大约98°C才能将模板DNA链彼此分离，从而产生可以与互补引物配对的单链。在这个温度下，碱基对之间的氢键断裂，链分离。

Taq聚合酶不需要这个温度才有活性，非目标序列在PCR过程中不被降解，dNTPs已经可溶，引物的最佳退火温度实际上远低于98℃。

在EMSA中，感兴趣的蛋白质通常结合的放射性标记DNA序列与蛋白质孵育。然后在非变性凝胶上运行这种混合物。如果蛋白质与放射性标记的DNA序列结合，则凝胶顶部的放射性将被检测到;然而，如果它没有结合，单独的放射性标记DNA探针将更快地向凝胶底部移动。

电泳迁移率超移试验(EMSA)的目的是确定某种蛋白质是否与DNA序列结合。EMSAs可以判断蛋白质是否“活跃”，这意味着它能够结合其目标DNA序列。在EMSA中，放射性标记的DNA片段与细胞蛋白裂解物一起孵育，然后在非变性凝胶上运行。任何蛋白质结合的DNA片段都比未结合的DNA片段移动得慢。在进行超位移时，人们希望通过抗体来确定特定的蛋白质是否与放射性标记的DNA探针结合。如果抗体与蛋白质- dna复合物结合，它的迁移速度甚至比单独的蛋白质- dna复合物还要慢。

在毛细管电泳系统中需要缓冲系统，以提供携带电流所必需的离子。离子消耗得很快，缓冲系统需要定期补充。

正极和负极与高压电源结合就产生了电流。样品的来源和目的地将有相反的带电电极。分析物通过聚合物填充毛细管的迁移将取决于应用电场和它们的大小。

毛细管电泳系统的检测器将根据仪器类型而有所不同。它被用来检测分子的大小和它们在基质中移动的速度。然后使用分级方法和数据库进行分析。

聚合物作为体系的分离基质。聚合物的粘度结合电渗透流的系统将分离分子根据他们的大小。

与平板凝胶相比，毛细管电泳允许液体聚合物在毛细管中的再现性更好。很多时候凝胶都是手工浇注的，可能会出现凝胶厚度不均匀的情况。

在毛细管电泳仪的系统计算机上可以实时查看数据。

平板凝胶的样品消耗量较高。每个通道需要装载更多的样品。如果需要重新测试，样品必须准备好并装入新的凝胶中。极少量的样品在进入毛细管的注射步骤中被消耗。通过从原样品瓶中回注样品，可以很容易地重新检测样品。

毛细管电泳有可能是一个完全自动化的过程，包括自动化的样品加载。这节省了样品准备、注射和分离的分析时间。凝胶需要手动加载样品，一些仪器需要凝胶处理，以便在电泳过程后进行扫描或摄影。

所有这些方法都需要将毛细管端浸入样品中，以便引入毛细管电泳系统。