肽键是通过一个氨基酸的-羧基与另一个氨基酸的-氨基缩合而形成的。因此，两个氨基酸的结合会导致一个水分子的损失。同样地，将三个氨基酸连接在一起会导致两个水分子的损失。根据这种模式，我们可以得出这样的结论:流失的水分子数量等于连接在一起的氨基酸数量减1。因此，100个氨基酸的结合会导致99个水分子的损失。

肽键连接两个氨基酸。这是缩合反应(水分流失)的结果，两个氨基酸之间形成了一个新的氮-碳键。注意，氨基酸合成发生在方向。肽键是负责氨基酸初级结构的共价键。

对于这个问题，我们有三种不同的氨基酸，并被问及它们有多少种可能的排列方式。一种方法是列出所有可以连接它们的不同方式。

1) Gly-Leu-Glu

2) Gly-Glu-Leu

3) Leu-Gly-Glu

4) Leu-Glu-Gly

5) Glu-Leu-Gly

6) Glu-Gly-Leu

或者，我们也可以用数学表达式来确定三个独立事物组合的个数，等于．

多肽内的肽键形成平面，而多肽的其他部分则可以自由旋转。这是因为氨基氮上的电子离域(共振)，形成了部分双键。

虽然碳和氮之间的电负性有轻微的差别，但这并不影响多肽的平面性。此外，虽然侧链和水之间可能会发生少量的氢键，但它不会影响平面度。

由于不同氨基酸残基侧链之间的位位冲突，顺式构象非常罕见。范德华力对于两边链占据附近空间来说太大了。然而，脯氨酸是一种非常独特的氨基酸。脯氨酸有一个独特的环结构，它的侧链与它的氨基骨干基团相连。正因为如此，实际上会有一些空间冲突反式构象，除了独联体构象。总的来说，估计有10-30%的脯氨酸存在于顺式构象中，远远大于其他氨基酸。

拉玛钱德兰图，也被称为二面体图，告诉我们什么键角对氨基酸残基有利。有颜色的区域是有利的，而没有颜色(白色)的区域是不利的。此外，每个彩色区域还对应着不同的二级结构(alpha helix, beta sheet等)。

这些图并不能告诉我们多肽链中特定的残基顺序，也不能告诉我们打破酰胺键所需的能量。