DNA脚印的一个功能是通过使用核酸酶切割DNA来寻找结合位点。任何转录因子结合的地方都应该被阻止并防止裂解。DNA样本可以在没有转录因子结合的凝胶中运行，并与有暴露于转录因子的DNA的凝胶进行比较。根据裂解差异分析DNA序列的差异，确定转录因子结合区域。

Northern blotting通过观察RNA帮助识别基因表达。蛋白印迹法有助于识别样本中的特定蛋白质。PCR有助于扩增DNA样本。

二抗被设计成专门与一抗相互作用。这是一个至关重要的步骤，因为二抗将包含可检测的标记(通常是荧光标记)。

一抗与目标蛋白相互作用。在加入抗体之前，膜被牛奶或其他物质堵塞，以防止非特异性结合。Ponceau S染料用于快速和可逆地检测硝酸纤维素膜上的蛋白质数量。

正确答案是学生做了革兰氏染色发现细菌是有毒的。革兰氏染色法专门将某些细菌外膜层中的肽聚糖染色为紫色。肽聚糖的存在标志着细菌为革兰氏阳性。如果不存在肽聚糖，细菌就不会染成紫色，这种细菌被称为革兰氏阴性菌。革兰氏阴性菌的外层含有脂多糖，可产生抗生素抗性和毒性。因为我们知道这种细菌没有外层的肽聚糖层，所以我们知道它是有毒的。

北方印迹法用于研究RNA。当在北方人使用的凝胶上运行时，你可以观察到RNA的长度(它在凝胶上移动的距离)，转录本的数量(暗带的数量)和表达水平(暗带的颜色)。南方印迹法用于研究DNA，而西方印迹法用于研究蛋白质。

正确的答案是确定哪些质粒促进了增殖细菌的生长。在这个实验中，研究人员想要识别出在细菌中过度表达时允许细菌在不利(最小)条件下生长的酶。由于这位研究人员在一种最小培养基中培养了所有3000种转化细菌，每种细菌都表达了不同的酶，他需要能够确定哪些酶促进了生长。条形码是一种经过工程设计的独特DNA序列，可以插入表达酶的质粒上。研究人员对每个独特的质粒进行编码。如果某种酶促进细菌生长，就会有细菌复制和复制质粒。对整个细菌培养的测序将确定哪些条形码被过度代表。然后，每个条形码与独特的酶相关联，允许在最小介质中增殖生长。

正确答案是免疫共沉淀。在这个实验中，蛋白质-蛋白质复合物被交联，然后被一种针对某一感兴趣的蛋白质的抗体拉下。然后，将这些蛋白洗脱液进行western blot检测，并用第二抗体对复合物中的其他蛋白进行特异性检测。电泳迁移率转移测定测定蛋白质的dna结合能力。TUNEL法是一种通过量化DNA碎片来检测细胞凋亡的方法。蛋白质结合微阵列确定特定蛋白质的首选DNA结合序列。cia - pet测量基因组中远端染色质的相互作用。

正确答案是其他答案都不是。为了增加生成抗体的特异性，使动物(抗体将在其中产生)接触整个纯化的蛋白质，而不是短合成的预测肽是有益的。此外，亲和纯化抗体的方法是将出血的抗血清暴露于纯化的蛋白质中，并将结合的抗体-蛋白质部分单独从抗体和蛋白质中分离出来，这将增加特异性。在抗体生成后，确定抗体的最佳稀释度以及适当的阻断条件以竞争与标本的非特异性结合是必要的。

正确的答案是，如果整个安装在Z面太大，用共聚焦显微镜无法分辨，最好是切片。切片取较大标本的一小片，然后进行后续抗体染色。通常情况下，当人们想要染色某些细胞类型/层或整个标本太厚(大Z平面)，无法安装在封面上并通过显微镜分辨时，这是可取的。

正确的答案是1200bp的碎片不会像3500bp的碎片那么明亮。溴化乙锭按比例插入DNA片段。由于我们预期1200bp和3500bp片段的分子数量是相同的，根据链中包含的溴化乙锭分子数量，1200bp片段的亮度应该比3500bp片段的亮度大约低3倍。此外，较小的碎片比较大的碎片迁移更快，因此离加载井更远。

正确答案是核糖体RNA基因。这些基因具有高度保守的区域，科学家可以利用这些区域设计引物来放大干扰区域。然而，这些中间区域是高度分化的，是非常有用的序列来区分物种。