在新教改革期间，奥斯曼帝国入侵匈牙利(当时在哈布斯堡神圣罗马帝国和天主教帝国的控制下)。奥斯曼人征服了这片土地，匈牙利人民失去了对天主教统治者的信心，也失去了对天主教本身保护他们的信心。到了1600年，全国绝大多数人都皈依了新教，尽管天主教反宗教改革运动将其推翻。

在整个新教改革期间，波兰的统治家族仍然是天主教，但贵族和地主贵族很快就接受了新教。有趣的是，农民普遍站在国王一边，而不是贵族一边，他们仍然是虔诚的天主教徒。

从1618年到1648年的三十年战争，主要是新教徒和天主教徒之间的宗教战争。在波兰和匈牙利，它促成了新教影响力的下降和天主教的复兴。

胡斯特教会起源于简·胡斯的教义。胡斯在影响更广泛的新教改革开始之前的一个世纪鼓吹改革，但他的改革运动可能被视为更广泛的欧洲趋势的一部分。胡塞人以波西米亚为中心，也就是今天的捷克共和国。

在整个欧洲，特别是在德国、波兰和匈牙利，决定一个地区或一群人的宗教信仰的最重要因素是该地区王子或统治者的宗教信仰。如果王子信奉路德教，那么他控制下的许多人也会这样做。

新教改革在波兰和匈牙利都取得了迅速的初步进展。在新教改革之后的一个世纪左右，这两个国家的大多数人都皈依了新教(路德教或加尔文教);然而，这两个国家都被天主教的反宗教改革压倒了，新教徒在16世纪所取得的大部分成果在17世纪都付之东流。

在19世纪和20世纪早期，国家对俄罗斯的犹太人社区进行了有组织的攻击。

在16世纪，匈牙利人被奥斯曼帝国蹂躏，开始认为他们的天主教信仰提供了不充分的保护。随后，新教迅速普及，到17世纪初，据估计超过90%的人口不再信天主教;然而，在17世纪，由匈牙利国王费迪南二世领导的天主教反宗教改革运动进行了反击，到18世纪，绝大多数匈牙利人再次成为天主教徒。

加尔文教是渗透波兰社会最有效的新教信仰，在新教改革高潮的几十年里，它一直是波兰的主导宗教;然而，天主教的反宗教改革取得了巨大的成功，加尔文主义只在有限的人数中存活下来。

1526年，匈牙利和奥斯曼帝国之间发生了莫哈奇战役。战争以奥斯曼帝国军队的压倒性胜利告终，这导致匈牙利人民放弃了他们的天主教信仰，因为他们认为天主教不再提供上帝的恩典的保护。他们大量接受了新教，并坚持了一个世纪左右的信仰，直到天主教反宗教改革运动使匈牙利回归天主教。