凝胶电泳是一种根据大小或电荷分离分子的技术。带电粒子可以被分离，因为它们向凝胶的不同一端移动。

带负电的粒子总是向正极移动，而带正电的粒子总是向负极移动(异性相吸)。在凝胶电泳中，正极称为阳极，负极称为阴极;因此，带电粒子将迁移到各自的节点。

等电点是带电粒子失去电荷而变成中性的pH值;因此，pI只是物种的属性(而不是环境的属性)。当环境的pH值等于分子的pI时，分子上的电荷就消失了。碱性环境的特征是pH值高。如果环境的pH值高于pI，则该环境为碱性环境。物种的大小通常用质量或重量来表示，而不是pI。

物质的pI影响其他化学性质，如溶解度。带电物种是极性的，很可能溶解在极性溶剂中，而不带电物种(当pH = pI时)可能是非极性的，更容易溶解在非极性溶剂中。

凝胶中的pH值梯度有利于带电物质的分离。混合物中的蛋白质在穿过凝胶时遇到不同的ph值。这些蛋白质的驱动力是电力。回想一下，每个蛋白质都有一个等电点;当蛋白质所处的环境pH值等于等电点时，蛋白质会变成中性，停止迁移(失去电力)。生理pH值约为7.4。有些氨基酸在这个pH值下是不带电的;然而，当pH值不同时，这些氨基酸会带电;因此，由于pH值梯度，这些蛋白质将被带电并能够通过凝胶迁移。

当环境(凝胶)的pH值等于蛋白质的pI时，蛋白质将停止迁移。不同类型的凝胶电泳用于根据电荷和大小分离分子。pH值梯度用于根据电荷分离分子，而SDS-PAGE用于根据大小分离分子。所有类型的大分子(核酸、蛋白质、脂类和碳水化合物)都可以用凝胶电泳分离。

SDS是一种添加到聚丙烯酰胺凝胶中，根据大小分离物质的物质。这种方法被称为SDS-PAGE。SDS结合在蛋白质的二级结构上给它们一个负电荷;物质越大，负电荷就越大。较大的质量补偿较大的电荷;因此，SDS使得所有物质的质荷比相同。这标准化了每个分子所经历的电力，使大小成为通过凝胶迁移的唯一驱动力。