因为脯氨酸的r基团侧链的一部分连接在它的氨基上，所以它具有不同于所有其他氨基酸的独特结构。它与氨基形成的环状结构导致它无法在α螺旋蛋白结构中被发现——如果它出现在α螺旋蛋白结构中，结构就会被破坏。然而，脯氨酸在扭结和旋转中很重要，因为它的小而独特的结构。

氨基酸可以通过它们的全名、三个字母的代码和一个字母的符号来识别。谷氨酰胺有三个字母的代码"gln"和一个字母的符号" q "谷氨酸有三个字母的代码“glu”和一个字母的符号“e”。赖氨酸有三个字母的代码"lys"和一个字母的符号" k "天冬氨酸有三个字母的代码"asp"和一个字母的符号" d "

这种氨基酸的结构将其归类为组氨酸。

考虑到蛋白质通过阳离子交换柱，人们会期望带正电荷的蛋白质在柱中流动得非常慢。阳离子交换柱上涂有带负电荷的小珠子，这些小珠子会被带正电荷的蛋白质元素吸引，导致它们慢慢地从柱中洗脱出来。赖氨酸和精氨酸是带正电的氨基酸，会导致这种情况发生，富含这些氨基酸的蛋白质在通过阳离子交换柱时被缓慢洗脱。

氨基酸可以通过三个字母的代码和一个字母的符号来识别。色氨酸有一个字母的符号"W"和三个字母的代码"Trp "谷氨酰胺有一个字母的符号"Q"和三个字母的代码"Gln "天冬氨酸有一个字母符号“D”和三个字母的代码“Asp”。最后，赖氨酸有一个字母的符号“K”和三个字母的代码“Lys”。

半胱氨酸和蛋氨酸是蛋白质中仅有的两种含硫的氨基酸。然而，只有半胱氨酸可以形成二硫键，因为它的自由SH基团。蛋氨酸没有自由的SH基团，因此不能形成这些键。

折叠层和螺旋构象是蛋白质二级结构的类型。回想一下，蛋白质的二级结构是通过多肽链中相邻氨基酸之间的氢键和二硫键形成的。将一种二级结构转化为另一种二级结构需要打破这些氢键和二硫键。氨基酸之间的二硫键发生在半胱氨酸氨基酸之间。氢键发生在一个氨基酸上的氢原子和另一个氨基酸上的氟原子、氧原子或氮原子之间。任何氨基酸之间都可以形成氢键，因为所有氨基酸都有形成氢键所必需的原子;因此，列出的两种氨基酸都参与了在一个二级结构转化为另一个二级结构时断裂的键。

MSUD患者体内有三种主要的支链氨基酸积累。它们是异亮氨酸，亮氨酸和缬氨酸。这些支链氨基酸的积累是由于它们分解所必需的酶的耗尽而发生的。支链氨基酸的分解产物用于几个过程，包括通过糖酵解和氧化磷酸化产生能量。这些氨基酸的积累是有毒的，对患有MSUD的儿童来说往往是致命的。

跨膜蛋白由两个亲水区域(位于细胞质和细胞外两侧的两端)和一个疏水区域(插入磷脂双分子层的疏水内部)组成。问题指出该区域充满了缬氨酸氨基酸残基。回想一下，缬氨酸是一种疏水氨基酸;因此，含有大量缬氨酸残基的区域一定是跨膜蛋白的疏水区域。

氨基酸聚合(转化)涉及冷凝，或产生自由水。每形成一个肽键，就会形成一个水分子。肌红蛋白包含154个氨基酸，因此每个合成的蛋白质包含153个肽键和153个水分子。