蛋白质在水中的行为与磷脂相似;极性基团将在表面与水形成良好的相互作用，而疏水基团将在核心，远离水分子。通常，具有非极性残基的氨基酸会被发现在蛋白质的核心。色氨酸有一个非极性的侧链，因此在水环境中的蛋白质核心中可以找到色氨酸。

在水溶液中，脂质分子被称为笼形壳的晶格状水分子环包围。这将先前自由的水分子锁定在这种不受熵青睐的状态。尽管不可避免地，一些水分子将不得不通过形成至少一个笼形壳而被剥夺一些运动自由，但从热力学角度来说，理想的情况是尽可能少的水分子被困在壳中。因此，水溶液中的脂质气泡倾向于从许多变成一个，因为这导致水分子数量最少的包合物壳。在这个过程中，许多更小的包合物壳被打破，许多水分子被释放出来，从而增加了系统的熵。

疏水效应需要水才能发生。疏水基团倾向于聚集在一起的原因是，通过这样做，它们周围的水分子网络保持完整。在疏水组织之间没有其他特种部队在发挥作用。正是疏水基的非极性赋予了它们的特性;水分子是极性的。细胞膜有一个磷脂双分子层，其内部有疏水区域(脂尾)，将细胞膜连接在一起。

这就是所谓的疏水效应。虽然最初水分子在包合物中排列自己并变得更加有序，但它们对疏水/非极性溶质的排斥是熵驱动和能量有利的。

磷脂是两亲性的——换句话说，它们同时是疏水和亲水的。它们有疏水的碳尾和亲水的头基。由于碳链被水排斥，磷脂聚在一起，使它们的碳尾接触，极性头朝任何一个方向。这些疏水相互作用最终形成磷脂双分子层。

氢键是最强的分子间作用力。然而，这种强度与分子内力(如离子键和共价键)的强度相比微不足道。所列力中最强的是共价键，其次是离子键，氢键，最后是伦敦色散力。

氢键在生物化学中很重要，因为它们的相对强度对生命产生了不可思议的影响。但请记住，这种强度远不如共价键和离子键强，而共价键和离子键实际上是将同一个分子中的原子连接在一起的。

注意，氢键既可以是分子间力，也可以是分子内力。如果一个氢键发生在不同的分子之间，它被认为是分子内的;如果它发生在同一个分子内，它被认为是分子间的。

疏水分子是一种非极性分子，来源于希腊语“hydro”(水)和“phobia”(恐惧)。疏水分子的例子是脂类。