当糖原磷酸化酶达到糖原的分支点时，键从α -1,4-糖苷键转变为α -1,6-糖苷键。它无法分裂这些键，因此其他酶(一种转移酶和一种葡萄糖苷酶)必须发挥作用。

糖原首先被糖原磷酸化酶从其非还原端去枝化和分解，得到产物G1P，然后被磷酸谷氨酰胺酶转化为G6P。糖原合成酶、糖原分支酶和udp -葡萄糖焦磷酸化酶是糖原合成所必需的。

糖原磷酸化酶，糖原分解的速率限制酶不破坏1,6糖苷键。它通过水解1,4糖苷键从糖原中释放葡萄糖直到到达糖原分子的分支点。这时，另一种酶，一种去分支的1,6糖苷酶水解1,6糖苷键。糖原磷酸化酶受多种激素的调节，包括胰岛素、胰高血糖素和肾上腺素。

为了将糖原分解成单个的葡萄糖-6-磷酸单元，以上所有的酶都是必需的。每一种酶都在以下活动中起着特定的作用:糖原的初始降解，糖原的重构以便它能被酶作用，葡萄糖-1-磷酸转化为葡萄糖- 6-磷酸。

糖原主要储存在肝脏和骨骼肌中。当葡萄糖在肝脏中被分解时，最后一种酶，即磷酸酶，会去除最后一个磷酸基，将纯葡萄糖释放到血液中。在肌肉中，不需要释放葡萄糖，所以糖原只被分解到葡萄糖-6-磷酸。骨骼肌细胞缺乏从碳6中去除磷酸盐所需的最后一种磷酸酶。然而，这并不是一个障碍，因为葡萄糖-6-磷酸已经进入糖酵解的第二阶段。

当血糖升高时，会释放胰岛素。它会引起信号级联，除了其他作用外，还会阻止糖原分解。这是通过将糖原磷酸化酶从活性的a型转化为非活性的b型来实现的。“R”状态是活性状态，所以葡萄糖的存在不会触发糖原的分解。5' AMP不会抑制酶的非活性形式。高AMP意味着对ATP的需求，因此它会将酶转化为“a”型。