直到最近，在建立濒危物种“旗舰”的问题上，还存在着两种思想流派，它们被选为活动的对象，让人们意识到采取行动保护动物免于灭绝的必要性。这些旗舰物种被用于市场营销和广告宣传，不仅是为了提高人们的意识，也是为了鼓励人们采取行动——比如筹款、投票和招募其他人加入——来保护整个动物群。

第一个问题是，作为大多数大型资助活动的受众，公众对某一特定物种的认知度如何。这个概念通常被称为“公众意识”。这个学派是建立在这样一个基础上的：如果一个人从先验知识、文化背景或以前的保护和教育遭遇中识别出一个物种（例如，在动物园环境或教室环境中）。该个体更有可能注意到其濒危状态的严重性并作出反应。例如，大熊猫，一种既有历史意义又有流行文化意义的知名动物，长期以来一直被许多保护团体用作旗舰物种。然而，最近出现的穿山甲等旗舰物种向我们表明，这并不是唯一的因素。

除了公众意识，保护专家长期以来一直在考虑一个因素，他们称之为石板选择过程中的“关键物种”。关键物种是那些在各自栖息地或生态系统中发挥特别重要作用的物种。例如，水獭在平衡海带生态系统中起着关键作用。虽然这一指标对负责分配收到的资金的环保主义者很重要，但最近的数据表明，关键物种名称在公众动机中所起的作用似乎较小。

自然资源保护主义者最近的研究对上述分类的独特性和影响公众决策的程度提出了质疑。尽管衡量起来更加复杂，但第三个标准，即物种的“魅力”，如今已成为大多数旗舰物种分类的标准。解决一个物种的魅力包括建立和收集有关其生态(与人类/人类环境的互动)、美学(通过物理外观和立即相关的行为吸引人类情感)、以及物质(与人类的短期和长期的情感和社交)特征。这一过程受到了一些人的批评，因为它的成本太高，而且没有将濒危物种的严重程度纳入指定范围，这是可以理解的，但它对公众的影响是毋庸置疑的。由于它们的实用性和相对简单性，keystone和public awareness的名称仍然经常被应用于该领域，而魅力现在被普遍认为是判断一个物种旗舰潜力的最准确的标准。